Actualidad Avipecuaria
lunes, 21 enero del 2019

(1)Sandra Morales Ruiz, (1)Jorge Bendezu Eguis, (1)Ricardo Montesinos, (2)Luis Tataje Lavanda, (1,2) Manolo Fernández Díaz.

(1)Laboratorios de Investigación y Desarrollo, FARVET S.A.C, Chincha Alta, Ica, Perú.

(2) FARVET SPF S.A.C, Chincha Alta, Ica, Perú.



Genoma completa del virus de laringotraqueitis infecciosa aviar

La laringotraqueitis infecciosa es una enfermedad respiratoria aviar causada por el VLTI, y los signos clínicos varían desde tos, conjuntivitis, jadeo hasta la expectoración de moco sanguinolento y muerte.

Genoma completa del virus de laringotraqueitis infecciosa aviar
Diciembre 20/2018
Lima - Perú
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Resumen

Reportamos el primer genoma secuenciado del virus de laringotraqueitis infecciosa aislado en Perú a partir del tejido traqueal de gallinas ponedoras. El genoma presentó un 99.98% de identidad con la secuencia del genoma de la cepa J2. Polimorfismos de un solo nucleótido fueron detectados en cinco secuencias codificantes de genes relacionados con el desarrollo de la vacuna, la adhesión del virus y la evasión inmune viral.

Extenso

La laringotraqueitis infecciosa es una enfermedad respiratoria aviar causada por el virus de la laringotraqueitis infecciosa (VLTI), y los signos clínicos varían desde tos, conjuntivitis, jadeo hasta la expectoración de moco sanguinolento y muerte.(1)

Mientras que el análisis de bases de datos genómicos permitió la identificación de una cepa de campo de VLTI en Australia como agente causante de brotes como resultado de la recombinación entre virus de vacunas atenuadas(2), los datos de las secuencias genómicas de brotes virales en Sudamérica aún son escasos.

VLTI fue reportado por primera vez en Perú por el Servicio Nacional de Sanidad Animal (Senasa) en 2008(3). VLTI en la avicultura peruana ha sido asociado con una disminución del 16% en la producción de huevos, un incremento del 18% en la mortalidad de gallinas ponedoras(3) y una disminución del 27,3% en la eficiencia productiva en pollos de engorde(4).

En diciembre del 2014, un brote de VLTI ocurrió en una granja en Chincha Alta, Ica, Perú. Una cepa de campo de VLTI fue nombrada como VFAR-043, se aisló de tejidos traqueales y se propagó en membrana corioalantoidea (CAM) de huevos libres de patógenos específicos(5). Este estudio en animales fue aprobado por el comité institucional de ética de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú (SIDIDI 65330). El ADN genómico total se extrajo de la suspensión de las CAM inoculadas utilizando un método de fenolcloroformo( 6).

La secuenciación del genoma completo fue realizada en Macrogen, Inc (Corea del Sur) usando una plataforma HiSeq 2000. Las lecturas se ensamblaron de novo utilizando NextGene(7), con una cobertura de 87X. Los marcos de lectura abierta (ORFs) se analizaron y anotaron usando SnapGene (GSL Biotech LLC) y Artemis(8). BLAST(9) se realizó para establecer la identidad génica.

El genoma de VFAR-043 tenía 152,701 bp de longitud. El genoma estaba compuesto por una única secuencia larga (UL) y una única secuencia corta (US), que eran de 113,917 bp y 13,125 bp respectivamente.

La secuencia US estaba flanqueada por una secuencia de repetición interna invertida (IR) y una secuencia de repetición terminal (TR) de 12,829 bp y 12,830 bp, respectivamente. El contenido de G+C fue de 48,06%, y el genoma codifica 79 ORFs predichos.

VFAR-043 mostró un 99.98% de identidad con la cepa J2, que fue reportada como un posible virus parental de cepas americanas(10). Se obtuvo un 98.85% de identidad como resultado de la alineación contra la secuencia del genoma de la cepa 4787/80 aislada de Italia, que ha sido asociada con una vacuna revertida atenuada introducida en Europa desde América(11). Además, VFAR-043 compartió un 99,47% de identidad con la cepa vacunal australiana de referencia SA2.

Encontramos polimorfismos de un solo nucleótido no sinónimos (nsSNPs) en 5 secuencias codificadoras de genes (CDS) de VFAR-043 en comparación con la cepa de referencia SA2. Detectamos 4 nsSNPs en glicoproteína B (gB) (UL27), una proteína asociada a la adhesión viral a las células(11); 2 nsSNPs para gE (US8) una proteína que tiene un papel en la transmisión de VLTI de célula a célula(12); 6 nsSNPs para gD (US6), una proteína que es un receptor para la unión de VLTI y la entrada a células susceptibles(11); 8 snSNPs en gG (US4) que es una proteína de unión a quimioquinas(13); y 10 nsSNPs para gJ (US5) una proteína que bloquea la cascada apoptótica en células hospederas(11).

A nuestro conocimiento, este trabajo presenta la primera secuencia del genoma de VLTI reportada en Sudamérica; por lo que, este estudio nos permitirá aclarar la epidemiologia de VLTI en el Perú y contribuir al conocimiento de este virus en la región.

Número de acceso

Esta secuencia completa del genoma de la cepa VFAR-043 ha sido depositada en el GenBank bajo el N° de accesión MG775218. La versión descrita en esta publicación es la primera versión, MG775218.1.

Agradecimiento

Este trabajo fue financiado por el Programa Nacional de Innovación para la Competitividad y Productividad (InnóvatePerú) con número de contrato 007-FIDECOM-FINCyT-PIPEI-2014.

Aviso

Este documento es una traducción no oficial hecha por FARVET S.A.C. con el objetivo de facilitar la información a personas de habla hispana. La traducción está basada en el documento original “Full-Genome Sequence of Infectious Laryngotracheitis Virus (Gallid Alphaherpesvirus 1) Strain VFAR-043, isolated in Peru” de la revista Genome Announcements 6:e00078-18. El artículo original se encuentra en el siguiente link: https://doi.org/10.1128/ genomeA.00078-18.

Bibliografía

Cualquier consulta sobre la bibliografía, comunicarse a sandra.morales@farvet.com

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